CytoscapeとIPython Notebookの連携¶

Part 1: 基本機能の紹介¶

by Keiichiro Ono

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初期設定¶

In [1]:

from py2cytoscape.data.cyrest_client import CyRestClient

cy = CyRestClient(ip='127.0.0.1', port=1234)

# 現在のセッションのクリア
cy.session.delete()

NetworkXによるスケールフリーネットワークの生成¶

In [2]:

import networkx as nx
g = nx.scale_free_graph(500)

各種統計量の計算¶

In [3]:

deg = nx.degree(g)
btw = nx.betweenness_centrality(g)

nx.set_node_attributes(g, 'degree', deg)
nx.set_node_attributes(g, 'betweenness', btw)

Cytoscapeで描画¶

In [4]:

g_cy = cy.network.create_from_networkx(g)

レイアウト¶

In [5]:

cy.layout.apply(name='kamada-kawai', network=g_cy)

スタイルの適用¶

In [6]:

directed = cy.style.create('Directed')
cy.style.apply(directed, network=g_cy)

見やすいようにエッジを束ねる¶

In [7]:

result = cy.edgebundling.apply(g_cy)

画像を取得する¶

PNG¶

In [13]:

network_png = g_cy.get_png()

from IPython.display import Image
Image(network_png)

Out[13]:

SVG¶

In [16]:

network_svg = g_cy.get_svg()

from IPython.display import SVG
SVG(network_svg)

Out[16]:

PDF¶

In [15]:

network_pdf = g_cy.get_pdf()

# ファイルに保存
f = open('scale_free_500.pdf', 'wb')
f.write(network_pdf)
f.close()

JavaScriptを使ったインタラクティブな描画¶

In [11]:

import py2cytoscape.cytoscapejs as renderer

view = g_cy.get_first_view()
# style_for_widget = cy.style.get(my_yeast_style.get_name(), data_format='cytoscapejs')
renderer.render(view, 'Directed', background='radial-gradient(#FFFFFF 15%, #DDDDDD 105%)')